武夷学院校旗以“红色土地，绿色希望”为设计理念。具体是：校旗为绿底及红底拼接，中上部为红底，中间为校徽。红色代表威尼斯赌博游戏：地处闽北中央苏区，有红色历史土壤的孕育。下半部为绿底，中间为黄色的中英文武夷学院字样。绿色代表着威尼斯赌博游戏：地处闽北绿色腹地，有着丰富的自然绿色植物和良好的生态环境，又与创办现代生态绿色校园相呼应。